De kapel van het Jeroen Bosch Ziekenhuis is ontworpen door de Finse architect Johanna Kamunen onder leiding Bas Molenaar, hoogleraar Bouw en Gezondheidszorg TU Eindhoven. Zijn visie op het ontwerp verwoordt hij als volgt:
 
Genezende gebouwen
"De Finse architecte die samen met mij indertijd het ontwerp voor de nieuwe kapel van het ziekenhuis heeft gemaakt, heeft duidelijk gekozen voor een plastische vorm die contrasteert met zijn omgeving. Waar het ziekenhuis bestaat uit een aantal vierkante vormen, heeft de kapel een organische vorm. Het is duidelijk een sacrale vorm, die doet denken aan een omarming. De kapel moet een plaats van troost zijn voor een ieder die een moment van bezinning en reflectie zoekt."
 
Rots
"In tegenstelling tot de kapel van het Onze Lieve Vrouwe Gasthuis in Amsterdam die ik ook heb ontworpen, is in ’s-Hertogenbosch niet gekozen voor de klassieke basiliekvorm. Deze kapel wordt zeer modern. Wel is in het ontwerp een aantal klassieke christelijke vormen verwerkt. De kapel is gebouwd op een ‘rots’, een duidelijke verwijzing naar de apostel Petrus, de rots waarop de christelijke kerk is gebouwd. Het dak bestaat uit een aantal ‘schubben’, een verwijzing naar het symbool van de vis, dat in de christelijke kerk wordt gebruikt om aan te geven dat men christen is. De hoge spits verwijst naar de hemel.

Bestemming
"De glas-in-loodpanelen komen uit een veel grotere kerk en kunnen niet integraal worden gebruikt. Dat roept wel een aantal prikkelende vragen op. Mag je slechts een deel van het kunstwerk gebruiken? Zo ja, welk deel? Wat doen we met de panelen die overblijven?
 
De panelen stonden te koop bij een sloper waarbij het risico bestond dat ze verdeeld zouden worden over een groot aantal niet-sacrale gebouwen. De sloper had een aantal kroegen op het oog. Nu krijgen ze toch een bestemming die dicht ligt bij de bestemming die ze oorspronkelijk hadden."

In dit sculpturale gebouw met zinken dak komen gerenoveerde meubelen uit de oude Nijmeegse studentenkerk en gerenoveerde glas in lood vensters van de Bossche kunstenaar Marius de Leeuw. Centraal in de ruimte staat een volume van twee verdiepingen (met boven een balkon voor orgel en koor), bekleed met donkergrijze leisteen. In principe wordt de kapel door verschillende godsdiensten gebruikt en daarom is al te veel religieuze symboliek (als kruizen) vermeden. Direct naast de kapel ligt de katholieke Mariakapel, elders in het complex is een gebedsruimte voor de islam.

De Kapel van het nieuwe Jeroen Bosch Ziekenhuis is een combinatie van het Jeroen Bosch Museum met de Kapel. Het Museum in de tuin op de begane grond en de Kapel daar bovenop, aan de Boulevard van het nieuwe ziekenhuis. Beide ruimten weerspiegelen een universeel aspect van de menselijke geest; de koesterende liefde voor de herinnering aan het verleden en de hoop op een goede toekomst. Het aardse en het hemelse. Beide ruimten zullen elkaar, door hun programmatische diversiteit, versterken en door hun ruimtelijke verstrengeling de aanwezigheid van de een in de ander voelbaar maken. De Kapel zal een ruimte zijn voor stilte, berusting en samenzijn voor iedereen, ongeacht cultuur of geloof. Zij zal centraal binnen de contouren van het nieuwe Jeroen Bosch Ziekenhuis fungeren als een bron van inspiratie. Herkenbaar door zijn universele spirituele karakter en unieke vormgeving. Gelegen in een groene oase.